北海道を保護地域とし、札幌市豊平区にある札幌ドームを専用球場（本拠地）としている。この他函館市千代台公園野球場（オーシャンスタジアム）、旭川市花咲スポーツ公園硬式野球場（スタルヒン球場）、帯広の森野球場、釧路市民球場など北海道内の野球場と、2003年まで専用球場としていた東京都文京区にある東京ドームでも主催公式戦を開催している。なお、二軍（イースタン・リーグ所属）の本拠地は千葉県鎌ケ谷市にあるファイターズスタジアムである。
2004年
本拠地を北海道札幌市の札幌ドームに移転。チーム名も北海道日本ハムファイターズとし、地域に密着したチーム作りを目指す。
本拠地移転及び、北海道の有力企業からの出資を受ける際、既存の球団会社（日本ハム球団株式会社）は新会社（株式会社北海道日本ハムファイターズ、2003年8月設立）へ球団運営権を譲渡し、旧会社は特別清算手続きをとっている。
シーズン途中にオバンドーが復帰。巨人とのトレードで隼人を放出し、河本育之を獲得。
千葉ロッテマリーンズとプレーオフ（上位3チーム進出のトーナメント）出場をシーズン終盤まで争い、9月24日のオリックス・ブルーウェーブ戦で、プレーオフ進出を決めた（4位ロッテとは0.5ゲーム差）。
プレーオフ史上最多の20得点を記録をするなど活躍するが、北海道移転元年のリーグ優勝は叶わなかった。
セギノールが44本塁打で本塁打王。建山が最優秀中継ぎ投手。横山が28セーブで最多セーブ。
オフにはブラッド・トーマス、エリック・アルモンテ、ブランドン・ナイトらと契約し、ヤクルトからFA宣言した稲葉篤紀を獲得。ドラフトでは橋本義隆、菊池和正、工藤隆人の他、済美高校の主砲・鵜久森淳志、高卒No.1ピッチャー・ダルビッシュ有、メジャーからの「逆輸入」という珍しい形でマイケル中村（登録名「MICHEAL」）が入団。シーズン途中にミラバルが故障のため退団し、ミラバルの穴を埋めるためにコリー・リーを獲得。
2005年
元監督の高田繁が球団初のゼネラルマネージャーに就任。
4月27日、大社義規元オーナーが死去。同オーナーの背番号100はオーナーとしては日本プロ野球史上初めて永久欠番に。田中幸雄が通算1000打点、金子誠が通算1000本安打を達成。
9月20日の西武戦（札幌ドーム）に敗れ、2年連続のプレーオフ進出の可能性が消滅（最終順位は5位）。
オフには現役ベテランメジャーリーガーのホセ・マシーアスを獲得するも、ローテーションの一角だった入来が渡米し、石井一久の獲得にも名乗りを挙げたが失敗。また、攻守に渡って振るわなかったナイト、アルモンテを解雇。大学・社会人ドラフトでは八木智哉、武田勝、川島慶三ら即戦力ルーキーを獲得し、高校ドラフトでは10年に1人の逸材と謳われる陽仲壽をソフトバンクとの競り合いの末に獲得。また、2006年シーズン開幕直前に巨人とのトレードで古城、実松を放出し、岡島秀樹を獲得。岩本、石本、西浦らが現役引退。
2006年
4月18日、開幕早々、SHINJOが2006年限りでの引退を発表。中日との金銭トレードで奈良原を放出。糸井が外野手に転向。
交流戦最終戦の6月20日の東京ヤクルト戦から、7月7日の西武戦まで、45年ぶりとなる11連勝（当時の球団最多タイ）を記録。以降も大型連勝が続いた。
西武・福岡ソフトバンクと三つ巴の首位争いの後、9月27日の最終戦でレギュラーシーズン1位通過を確定させた（交流戦の結果を除いた成績でも1位）。防御率3.05、チーム本塁打数135の投打2冠を達成。
10月12日、プレーオフ第2ステージ（対・ソフトバンク）を2連勝で制し、25年ぶりにリーグ優勝。
10月26日、中日ドラゴンズとの日本シリーズに4勝1敗の戦績で44年ぶりの日本一を手にした（ファイターズとして、GM制施行チームとして、札幌移転後として初）。
11月、かつて本拠地とした東京ドームで行われたアジアシリーズでも優勝を飾り、アジア王者となる。
小笠原が本塁打・打点の2冠王（打点は西武・カブレラと同数）。稲葉が自己最多の26本塁打。武田久が45ホールドポイントのリーグ新記録で最優秀中継ぎ投手。MICHEALが39セーブのパ・リーグ新記録で最多セーブ。田中賢介が犠打王。森本が得点王。ダルビッシュ、八木が12勝。
12月12日、毎日スポーツ人賞のグランプリを受賞。
12月20日、日本プロスポーツ協会から日本プロスポーツ殊勲賞を受賞。
オフには小笠原が巨人、岡島がアメリカメジャーリーグのボストン・レッドソックスにそれぞれFA移籍、SHINJOが引退したほか、トーマス、リー、マシーアス、ディアスらの外国人が揃って退団。ドラフトでは広陵高校のエース吉川光夫、大学日本代表4番を打ったスラッガー・金子洋平らが入団（ドラフト4位の長野久義は指名したが、本人が拒否）。新外国人としてアンディ・グリーン、ブライアン・スウィーニーと契約、他にも東北楽天を自由契約になったライアン・グリンを、シーズン開幕直前、阪神とのトレードで正田を放出し、金澤健人を獲得。
2007年
3月24日の開幕戦（千葉マリンのロッテ戦）が降雨コールドで引き分けに終わる（パ・リーグでは1966年の東映（前身球団）対阪急戦以来41年ぶり2回目の出来事）。翌日も延長12回で引き分け。開幕2連戦の引き分けはパ・リーグでは1974年のロッテ対阪急戦以来33年ぶり2回目の出来事。
5月17日、田中幸雄が球団の生え抜きとしては初の通算2000本安打を達成。同時に背番号の6を永久欠番とすることが検討される。
6月5日、球団新記録である14連勝を達成。さらに、交流戦の連勝記録である12連勝を達成。また14連勝中、木下、金森、吉川がプロ初勝利。
6月15日、大リーグドジャース傘下、3Aラスベガス所属のスラッガーミッチ・ジョーンズを新外国人として獲得。
6月23日、阪神戦を制し、阪神甲子園球場で日本生命プロ野球セ・パ交流戦初優勝を決めた。交流戦MVPはライアン・グリンが獲得。交流戦は18勝5敗と大きく勝ち越した。交流戦パ2位（全体4位）のロッテは13勝10敗、交流戦前首位だったソフトバンクは交流戦パ6位（全体9位）11勝13敗と、交流戦で他球団に大きく差をつけることになった。
6月25日、オリックスとのトレードで木元、清水を放出し、萩原淳と歌藤達夫を獲得。
8月9日、ダルビッシュが試合後のヒーローインタビューで婚約を発表。
8月14日、金子誠が通算200犠打を達成。
9月8日、ヒルマン監督が今季限りでの退任を表明。
9月19日、楽天戦に6-0で勝利し、この年から導入された「クライマックスシリーズ」の出場権を両リーグ一番乗りで獲得。
9月28日、西武戦に11-7で勝利。西武に対して20年ぶりの勝ち越しを決めた。
9月29日、ロッテ戦に9-1で勝利し、球団初のリーグ2連覇を達成した。
2004年
本拠地を北海道札幌市の札幌ドームに移転。チーム名も北海道日本ハムファイターズとし、地域に密着したチーム作りを目指す。
本拠地移転及び、北海道の有力企業からの出資を受ける際、既存の球団会社（日本ハム球団株式会社）は新会社（株式会社北海道日本ハムファイターズ、2003年8月設立）へ球団運営権を譲渡し、旧会社は特別清算手続きをとっている。
シーズン途中にオバンドーが復帰。巨人とのトレードで隼人を放出し、河本育之を獲得。
千葉ロッテマリーンズとプレーオフ（上位3チーム進出のトーナメント）出場をシーズン終盤まで争い、9月24日のオリックス・ブルーウェーブ戦で、プレーオフ進出を決めた（4位ロッテとは0.5ゲーム差）。
プレーオフ史上最多の20得点を記録をするなど活躍するが、北海道移転元年のリーグ優勝は叶わなかった。
セギノールが44本塁打で本塁打王。建山が最優秀中継ぎ投手。横山が28セーブで最多セーブ。
オフにはブラッド・トーマス、エリック・アルモンテ、ブランドン・ナイトらと契約し、ヤクルトからFA宣言した稲葉篤紀を獲得。ドラフトでは橋本義隆、菊池和正、工藤隆人の他、済美高校の主砲・鵜久森淳志、高卒No.1ピッチャー・ダルビッシュ有、メジャーからの「逆輸入」という珍しい形でマイケル中村（登録名「MICHEAL」）が入団。シーズン途中にミラバルが故障のため退団し、ミラバルの穴を埋めるためにコリー・リーを獲得。
2005年
元監督の高田繁が球団初のゼネラルマネージャーに就任。
4月27日、大社義規元オーナーが死去。同オーナーの背番号100はオーナーとしては日本プロ野球史上初めて永久欠番に。田中幸雄が通算1000打点、金子誠が通算1000本安打を達成。
9月20日の西武戦（札幌ドーム）に敗れ、2年連続のプレーオフ進出の可能性が消滅（最終順位は5位）。
オフには現役ベテランメジャーリーガーのホセ・マシーアスを獲得するも、ローテーションの一角だった入来が渡米し、石井一久の獲得にも名乗りを挙げたが失敗。また、攻守に渡って振るわなかったナイト、アルモンテを解雇。大学・社会人ドラフトでは八木智哉、武田勝、川島慶三ら即戦力ルーキーを獲得し、高校ドラフトでは10年に1人の逸材と謳われる陽仲壽をソフトバンクとの競り合いの末に獲得。また、2006年シーズン開幕直前に巨人とのトレードで古城、実松を放出し、岡島秀樹を獲得。岩本、石本、西浦らが現役引退。
2006年
4月18日、開幕早々、SHINJOが2006年限りでの引退を発表。中日との金銭トレードで奈良原を放出。糸井が外野手に転向。
交流戦最終戦の6月20日の東京ヤクルト戦から、7月7日の西武戦まで、45年ぶりとなる11連勝（当時の球団最多タイ）を記録。以降も大型連勝が続いた。
西武・福岡ソフトバンクと三つ巴の首位争いの後、9月27日の最終戦でレギュラーシーズン1位通過を確定させた（交流戦の結果を除いた成績でも1位）。防御率3.05、チーム本塁打数135の投打2冠を達成。
10月12日、プレーオフ第2ステージ（対・ソフトバンク）を2連勝で制し、25年ぶりにリーグ優勝。
10月26日、中日ドラゴンズとの日本シリーズに4勝1敗の戦績で44年ぶりの日本一を手にした（ファイターズとして、GM制施行チームとして、札幌移転後として初）。
11月、かつて本拠地とした東京ドームで行われたアジアシリーズでも優勝を飾り、アジア王者となる。
小笠原が本塁打・打点の2冠王（打点は西武・カブレラと同数）。稲葉が自己最多の26本塁打。武田久が45ホールドポイントのリーグ新記録で最優秀中継ぎ投手。MICHEALが39セーブのパ・リーグ新記録で最多セーブ。田中賢介が犠打王。森本が得点王。ダルビッシュ、八木が12勝。
12月12日、毎日スポーツ人賞のグランプリを受賞。
12月20日、日本プロスポーツ協会から日本プロスポーツ殊勲賞を受賞。
オフには小笠原が巨人、岡島がアメリカメジャーリーグのボストン・レッドソックスにそれぞれFA移籍、SHINJOが引退したほか、トーマス、リー、マシーアス、ディアスらの外国人が揃って退団。ドラフトでは広陵高校のエース吉川光夫、大学日本代表4番を打ったスラッガー・金子洋平らが入団（ドラフト4位の長野久義は指名したが、本人が拒否）。新外国人としてアンディ・グリーン、ブライアン・スウィーニーと契約、他にも東北楽天を自由契約になったライアン・グリンを、シーズン開幕直前、阪神とのトレードで正田を放出し、金澤健人を獲得。
2007年
3月24日の開幕戦（千葉マリンのロッテ戦）が降雨コールドで引き分けに終わる（パ・リーグでは1966年の東映（前身球団）対阪急戦以来41年ぶり2回目の出来事）。翌日も延長12回で引き分け。開幕2連戦の引き分けはパ・リーグでは1974年のロッテ対阪急戦以来33年ぶり2回目の出来事。
5月17日、田中幸雄が球団の生え抜きとしては初の通算2000本安打を達成。同時に背番号の6を永久欠番とすることが検討される。
6月5日、球団新記録である14連勝を達成。さらに、交流戦の連勝記録である12連勝を達成。また14連勝中、木下、金森、吉川がプロ初勝利。
6月15日、大リーグドジャース傘下、3Aラスベガス所属のスラッガーミッチ・ジョーンズを新外国人として獲得。
6月23日、阪神戦を制し、阪神甲子園球場で日本生命プロ野球セ・パ交流戦初優勝を決めた。交流戦MVPはライアン・グリンが獲得。交流戦は18勝5敗と大きく勝ち越した。交流戦パ2位（全体4位）のロッテは13勝10敗、交流戦前首位だったソフトバンクは交流戦パ6位（全体9位）11勝13敗と、交流戦で他球団に大きく差をつけることになった。
6月25日、オリックスとのトレードで木元、清水を放出し、萩原淳と歌藤達夫を獲得。
8月9日、ダルビッシュが試合後のヒーローインタビューで婚約を発表。
8月14日、金子誠が通算200犠打を達成。
9月8日、ヒルマン監督が今季限りでの退任を表明。
9月19日、楽天戦に6-0で勝利し、この年から導入された「クライマックスシリーズ」の出場権を両リーグ一番乗りで獲得。
9月28日、西武戦に11-7で勝利。西武に対して20年ぶりの勝ち越しを決めた。
9月29日、ロッテ戦に9-1で勝利し、球団初のリーグ2連覇を達成した。
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