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近親相姦の禁忌視はひろく見られる現象であるが、その原因については、優生学的配慮に求める説、社会的要因に求める説などがあり、必ずしも一致した見解をみない。

社会化説によると親戚が婚姻によって増えていくため共同体として危機に陥りづらくなるという要因があるとされる。だが逆に財産が分割される可能性があるため王族などは近親相姦を繰り返したと言われる。

常染色体劣性遺伝の疾患は、他の血族との交配では発現しない可能性が高いが、同族婚では発現する頻度が高くなるとも言われる。しかしインカ帝国において14代に渡り兄弟姉妹婚が繰り返されたにもかかわらず、健康上問題は起こらなかった。

遺伝学・社会道徳以外のタブーの理由としては、社会人としての「精神的な成長」を妨げるケースが、近親相姦には多い事なども挙げられるだろう。すなわち個人及び人間としての自立した精神の確立、及び性の自己決定権が現代社会では求められているのである。

歴史的には中国では唐の十悪があり、近親相姦は悪とされていた。だが、日本の律令制では八虐として除かれていた。日本で近親相姦の禁忌視が本格的に強まったのは江戸時代である。この頃には異性双生児が母体内で同胞相姦があるとして嫌悪されていた。だが、それらの反発にもかかわらず戦前までは村では母子相姦などの近親相姦が比較的平然と行われていた。

日本の法律における近親相姦と近親婚
現代の日本では、直系親族または3親等内の傍系血族の間での婚姻届は受理されない（民法第734条および第740条）。近親者同士の合意に基づく性交についての規定はなく、近親相姦によって出生した子を非嫡出子として認知することは可能である（この場合、戸籍の「父」「母」欄には、近親者同士が名を連ねることとなる）。

近親相姦と児童虐待
近親相姦として扱われていることが実は性的虐待で被害者側の虐待の受容・合理化の結果としてそのように見える場合もある。近親相姦の中で性的虐待として扱われている事例で最も多いのは父娘相姦であるが、兄妹相姦であってもそのように扱われることもある。姉弟相姦でも弟の攻撃的相姦が問題になった事例もある。男性側から見ると母子相姦が性的虐待として扱われる事がある。

家庭内で（立場的・腕力的な）弱者が性的に虐待された場合には、証拠が残らず、また被害者の証言能力が軽視されることがある。このような場合には、加害者側による合理化の結果として、児童虐待が近親相姦として処理されやすい。