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男性

男性の場合、擦る時に起こる摩擦によって陰茎が一時的な炎症を起こし、その後色素が沈着する事により陰茎が黒ずむという俗説がある。また性交によっても起こるという俗説がある。実際のところ、摩擦程度では、怪我でもしない限り色素沈着ほとんどおこらない。遺伝的な黒ずみ加齢による黒ずみのほうがはるかに濃い。また男性は包皮のほうが全体にくらべて濃いこれも遺伝的なものである。
男性の場合、利き手の方向へ陰茎が曲がることもある。また陰茎亀頭を包む包皮を利用してオナニーをすることで、包皮が伸びてしまい包茎になりやすいという説がある。欧米では逆に宗教上の理由により包皮を切除した男性が包皮を伸ばすために努力している例もある。あくまでこれも俗説であり骨格がないので変形は軽いものである。
男性の場合、オナニーの経験回数が増えるに従って、性器を握る強度が増さないと射精しにくくなる傾向があるが、自分の手によるグリップの強さに慣れてしまうと、女性との性交の際に、女性器内の膣圧が弱く感じられて、射精できなくなる（遅漏になる）という事例が多々見られる。予防策としては、グリップを弱める、オナホールなどのソフトな素材を用いたオナニーを取り入れる、などが挙げられる。

女性

女性の場合も男性同様、摩擦によって小陰唇に色素が沈着し黒ずむという俗説がある。また、オナニーの仕方にもよるが小陰唇が長く伸びることがある。オナニーの頻度により、性器の変形の程度が異なるがあっても少しである。このような性器の色素沈着に関しても男性同様遺伝的なものである。女性の場合小陰唇が濃く大陰唇がそれよりも薄く黒ずむ。オナニーや性交の頻度とはほとんど関係ないがいずれにしても、加齢とともに色素沈着は避けられず、気にする必要は全くない。男女ともにオナニーや性交の頻度で黒ずむというのはあくまで俗説である。オナニーや性交をしなくても黒ずんでいくし、オナニーや性交をしても黒ずまないひとは黒ずまない。専門科の医師はオナニーや性交による黒ずみは否定しているほどである。実際あってもごくわずかである。またメラニン色素の量が関係しているので色黒のひとは黒ずみが濃い、濃くなっていく傾向にある。
性器を清潔に保つことで、性器から不純物が取り除かれて敏感になり、より強い性的快楽を得られる。また刺激する際は、指や体に触れる器具を清潔に保ち、傷がついた際に感染症にかからないよう気をつける必要がある。
心理学の見地から、オナニーは自我の形成に重要な役割を果たすとも言われている。自らの指を汚しながら人間が人間であることを確認する行為であり、思い出を整理する時間でもある。

偏見
近年の日本では、「恋愛経験や性交経験の乏しい男性は常時オナニーをしており不潔である」という偏見が、若い女性の間で広まっている。このような偏見が生まれた原因は、性教育の歪みやラブ・ハラスメントなどが関係していると考えられるが、男性のオナニーに比べて女性のオナニーが認知されていないということも理由のひとつとして挙げられるだろう。また、女性の指先に触られたくないと感じる男性もいるようである。
和製の成人向けビデオでは、女性の初オナニー年齢を高めに（未経験の場合もある）、また初性交渉の年齢を低くアピールするきらいがある。また男性の性感に偏重しすぎている。このため、「男性が女性を性的開発するものである」という誤ったイメージを植えつけている。
但し、直接射精に繋がる男子にはオナニーを教えるが、生理と直接の関連を持たない女子にはオナニーを教えないという偏った性教育が行われている場合があり、その様な環境で育ってきた女性は理論上オナニーを知らなくてもおかしくない。