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ヒノキは、日本では建材として最高品質のものとされる。 正しく使われたヒノキの建築では1000年を超える寿命を保つものがある。

日本では古くから建築用材として用いられる。 既に古事記のスサノオ神話の中で、ヒノキを建材として使うことが示唆されている。 特に寺院、神社の建築には必須で古くから利用された。 飛鳥時代のヒノキ造りの建築はすぐれたものが多く、法隆寺は今日までその姿をたもっている。 大径材は奈良時代にすでに不足をきたしていた。現在では、一般家庭でも多く使われ、特に和式の様式を持った建築物に高級材として使用される。

伊勢神宮では20年に1度、社を新しく建て替える式年遷宮と呼ばれる行事が行われ、大量のヒノキ材が必要となる。古くは伊勢国のヒノキを使用していたが、次第に不足し三河国や美濃国からも調達するようになった。18世紀には木曽山を御杣山と正式に定め、ここから本格的にヒノキを調達するようになった。

明治時代になって、調達の困難さが明治天皇にまで伝わるところとなり、恒久的な調達を可能にするため神宮備林においてヒノキを育成することになった。さらに大正時代に入り伊勢神宮周辺に広がる宮域林においてヒノキを育成することになり植林を行った。これらの植林計画は、樹齢200年以上のヒノキを育成することを目標としており、長期的展望に立った計画である。

また、この時期、台湾を統治した日本は、変種のタイワンヒノキや同属異種のベニヒ（Chamaecyparis formosensis）の大木を求めて、森林鉄道を敷設して、日本本土にも輸送を行い、一部は神社建築にも使用した。

木曽山の神宮備林は1947年に廃止され国有林に編入されてしまったため、その後はこの国有林からヒノキを購入して式年遷宮を行っている。伊勢神宮の式年遷宮後、前回の式年遷宮で使用されたヒノキ材は日本全国の神社に配布され、新たな神社の社殿となる。